رغم تمكن حكومة الوفاق من دخول العاصمة بعد إعلان عن بدء تطبيق الاتفاق السياسي لإنهاء مرحلة الانقسام، فإن هذه الحكومة لا تزال تواجه عراقيل جمة، وعلى رأسها عدم حصولها على ثقة مجلس النواب الذي فشل أكثر من مرة في عقد جلسة للمصادقة عليها.
كما تعترض الحكومة عملية حل الميليشيات المسلحة بالعاصمة طرابلس والمدن الأخرى، ولا يقتصر الأمر على الرافضة لها بل حتى الموالية، فالحكومة لا تزال تحتاج لحمايتها، وإلى حين إدماجها في المؤسسات الأمنية كالجيش والشرطة لا يزال شبح عودة فرض سيطرتها على قرار الحكومة قائما.
كما أن توحيد مؤسسات الدولة المنقسمة يمثل هو الآخر تحديا بارزا أمام الحكومة، فالبنك المركزي ومؤسسة النفط تعملان من خلال إدارتين في طرابلس والبيضاء كل منهما يدعي الشرعية، وهي إشكالية تحتم على الحكومة حلها بشكل سريع لمعالجة مشكلة التردي الاقتصادي الحاد الذي تعاني منه البلاد.
وتبقى محاربة الإرهاب من زاوية نظر المجتمع الدولي من أبرز التحديات المطلوب من الحكومة مواجهتها، فتنظيم داعش لا يزال يستثمر انقسام البلاد لزيادة رقعة سطرته، ما يستدعي ضرورة توحيد جبهة القتال ضد الإرهاب وإيجاد مؤسسة عسكرية موحدة لقيادتها في الوقت الذي لا يزال مستقبل القائد العام للجيش الفريق حفتر الذي تتبعه غالب القوات النظامية غامضا حتى الآن في مستقبل هذه الحكومة.