خلفت جملة تعيينات وترقيات أقرت مؤخرا في سلطة التنظيم جدلا واسعا نظرا لما اعتبرته مصادر داخل السلطة "غياب معيار واضح يبرر تلك التغييرات الإدارية".
وقد مثلت تلك الترقيات منحى جديدا يضاف إلى تزايد عدد المتدربين داخل السلطة بعد أن منعت السلطات إدارتها من تنظيم مسابقة عمومية لاكتتاب موظفين جدد.
ويتولى الشيخ أحمد ولد سيدي أحمد رئاسة السلطة منذ تعيينه على هذا المنصب نهاية إبريل 2016 حيث يضم المجلس الوطني للتنظيم بالإضافة للرئيس 4 أعضاء آخرين تستمر مأمورية كل منهم 4 سنوات.
وتتضمن الهيكلة الإدارية لسلطة التنظيم 3 إدارات تنفيذية تتبع لها 11 دائرة و30 مصلحة إضافة إلى هيئات أخرى تضم مستشارين وملحقين.